Học viện Phật giáo Việt Nam ra đời trong bối cảnh đất nước vừa giải phóng năm 1975, một kỷ nguyên mới được mở ra cho dân tộc Việt Nam, kỷ nguyên hòa bình, độc lập, thống nhất và chủ nghĩa xã hội. Tất cả đều phải thay đổi và xây dựng, củng cố hệ thống nhân sự và lãnh đạo đất nước, Giáo hội Phật giáo Việt Nam (GHPGVN) cũng không ngoại lệ. Năm 1981, trong Hội nghị đại biểu thống nhất Phật giáo Việt Nam tại chùa Quán Sứ (Hà Nội) HT. Thích Đức Nhuận đã đặt ra 3 điều kiện khi nhận ngôi Pháp chủ, một trong 3 điều kiện đó có đề cập tới vấn đề đào tạo và giáo dục Tăng Ni, Phật tử, đó là: Trên cả 3 miền Bắc, Trung, Nam, (Thủ đô Hà Nội, Tp. Huế, Tp.Hồ Chí Minh) được phép thiết lập một trường Đại học Phật giáo.

Học viện Phật giáo Việt Nam ra đời là để đáp ứng nguyện vọng của Giáo hội, Chính phủ đã cho phép chuyển cơ sở trường tu học Phật pháp Trung ương của Hội Phật giáo Việt Nam thống nhất trước đây, nâng lên thành trường Cao cấp Phật học Việt Nam, cơ sở I đặt tại Chùa Quán Sứ Tp.Hà Nội, và cho phép thành lập trường Cao cấp Phật học Việt Nam cơ sở II đặt tại Thiền viện Vạn Hạnh Tp.HCM. Cả hai cơ sở đều do HT. TS. Thích Minh Châu làm Hiệu trưởng, mỗi trường đều có Ban Giám hiệu , Ban Giảng huấn và văn phòng riêng để hoạt động nhưng đều đặt dưới sự lãnh đạo chung của Ban Thường trực Hội đồng Trị sự.

Viện Đại học Vạn Hạnh là viện đại học tư thục ở Sài Gòn do Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất thành lập vào năm 1964 (được Bộ Giáo dục Việt Nam Cộng hòa cấp giấy phép ngày 17/10/1964) dưới chính thể Việt Nam Cộng hoà. Đây là viện đại học tư thục Phật giáo đầu tiên ở Việt Nam, là trường Đại học tổng hợp đào tạo đa ngành khoa học và nhiều thành phần xã hội.

Kế thừa Đại học Vạn Hạnh (1964-1975),  HVPGVN tại TP.HCM được khai sinh với tên gọi là Trường Cao cấp Phật học Việt Nam, do UBND TP.HCM cấp giấy phép hoạt động số 160/QĐ-UB ngày 17/10/1983.