Ngày 12 tháng 7 năm 2011, Học viện đã được UBND Thành phố Hồ Chí Minh cấp 23,8 ha đất để xây dựng một trường Đại học Phật giáo có tầm cỡ trong khu vực và trên thế giới. Ngày 4 tháng 11 năm 2012, Lễ đặt đá động thổ xây dựng Học viện cơ sở II đã chính thức được tiến hành. Đến năm 2016 công trình xây dựng Học viện mới tại xã Lê Minh Xuân đã được hoàn thành giai đoạn I với tổng chi phí lên tới 168 tỷ đồng.

Giai đoạn I đã xây dựng được: Một tòa nhà Hành chính, dài 80m gồm 01 tầng trệt, 02 tầng lầu và 02 mái lồng. Một tòa nhà lớp học, 5 tầng lầu, dài 55m, gồm 01 tầng trệt, 04 tầng lầu và 02 mái lồng. Ba tòa nhà khu nội xá Tăng Ni. Công trình khu nội xá gồm 02 tòa nhà được chia thành 2 khu Tăng, Ni riêng biệt. Mỗi tòa nhà 5 tầng, mỗi tầng có 14 phòng, mỗi phòng có diện tích 32m2 gồm có 3 giường tầng dành cho 06 người. Như vậy, mỗi tòa có 70 phòng dành cho 420 vị. Tổng cộng 2 tòa nhà nội trú dành cho Tăng Ni có 140 phòng dành cho 840 vị. Đặc biệt, tòa nhà nội xá thứ 3, tầng 1 và tầng 2 được sử dụng làm lớp học, 3 tầng trên được sử dụng làm nội xá Ni. Một giảng đường tiền chế được sử dụng tạm thời cho các Tăng Ni sinh có nơi sinh hoạt và tu học, với tổng diện tích là 2.400m2, được chia làm 2 khu: Khu Trai đường kết hợp với Chánh điện tạm thời và khu phục vụ.

Ngày 8 tháng 5 năm 2016, Lễ khánh thành công trình xây dựng giai đoạn I được tổ chức tại xã Lê Minh Xuân, huyện Bình Chánh.

Từ năm 2016 đến nay công trình được tiếp tục xây dựng giai đoạn II, dự kiến xây dựng 3 hạng mục chính: Ngôi Chánh điện với sức chứa 2.000 người, Tòa đại thư viện, Bảo tháp cao 80m. Vào ngày Vía Đức Bồ tát Quán Thế Âm, 27 tháng 10 năm 2018 Học viện đã làm lễ khởi công xây dựng ngôi Đại Chánh điện để Tăng Ni sinh nội trú có nơi sinh hoạt, tu tập tâm linh.

Có thể nói, Học viện đã để lại cột mốc vàng son trong việc xây dựng cơ sở 2 tại xã Lê Minh Xuân, một sự chuyển mình rất lớn của Học viện PGVN. Cơ sở vật chất hạ tầng mang tầm vóc của một trường Đại học quy mô và trang thiết bị đầy đủ và khang trang hơn trước kia rất nhiều. Buổi đầu tuy có nhiều khó khăn vất vả nhưng dưới sự hy sinh cao cả của Hòa thượng Viện trưởng và sự hợp tác quý cựu Tăng Ni sinh đã tiên phong ủng hộ đã đưa đến thành công viên mãn như ngày nay.