Kể từ niên học 2006 của khoá VI trở đi, để thích ứng với môi trường xã hội, giáo dục cũng như xu thế giáo dục của thế giới, HVPGVN tại TP.HCM thay đổi chương trình từ đào tạo niên chế sang thành tín chỉ (course-credit/ unit) theo hệ thống giáo dục tiên tiến và phổ quát trên thế giới.

Để thích ứng với môi trường xã hội, giáo dục cũng như xu thế giáo dục của thế giới, từ khóa VI học viện đã chuyển từ hệ thống đào tạo niên chế sang hệ thống đào tạo theo tín chỉ. Ngày 3 tháng 12 năm 2009 Viện trưởng Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP.HCM đã ra quyết định sẽ chuyển từ đào tạo niên chế với mỗi năm hai học kỳ thành đào tạo theo hệ thống tín chỉ (course-credit/ unit). Đây là một bước chuyển phù hợp với xu thế phát triển của thế giới, trao cho người học quyền chủ động trong việc hoàn thành chương trình học tập.