Từ năm 1997, từ Trường Cao cấp Phật học được đổi tên thành Học viện Phật giáo Việt Nam. Ý tưởng đổi tên trường xuất hiện từ Đại hội đại biểu toàn quốc Giáo hội Phật giáo Việt Nam lần thứ III, năm 1993. Tại Đại hội Ban Giáo dục tăng ni đề xuất “Đề nghị Giáo hội chấp thuận và có kiến nghị xin chuyển đổi danh xưng Trường Cao cấp Phật học Việt Nam thành Trường Đại học Phật học Việt Nam. Đồng thời xin Giáo hội chủ trương chỉ đạo xây dựng ngôi trường Đại học Phật học Việt Nam tầm cỡ phục vụ giai đoạn phát triển mới đào tạo các thế hệ Tăng Ni sinh làm cơ sở, làm đầu mối giao lưu các Trường Đại học Phật giáo trong khu vực và thế giới”. Qua tham khảo ý kiến chung, Giáo hội đã thống nhất đổi thành Học viện Phật giáo Việt Nam và đã được Ban Tôn giáo Chính phủ chấp thuận theo Quyết định số 19 ngày 23 tháng 6 năm 1997. Theo Quyết định này, Trường Cao cấp Phật học Việt Nam tại Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, thành phố Huế tỉnh Thừa Thiên –Huế được đổi tên thành “Học viện Phật giáo Việt Nam” tại Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, thành phố Huế tỉnh Thừa Thiên-Huế.

Như vậy, trường Cao cấp Phật học cơ sở 2 tại Thành phố Hồ Chí Minh được đổi thành Học viện Phật giáo Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh. Theo từ điển Tiếng Việt, “học viện” chỉ “một cơ sở nghiên cứu và đào tạo”, “vừa đào tạo đại học, sau đại học, vừa nghiên cứu chuyên sâu trong một lĩnh vực”. Tên gọi mới đã xác định vị thế, vai trò và chức năng mới cho Học viện. Theo đó học viện không chỉ là một cơ sở giáo dục trình độ đại học, sau đại học mà còn là một cơ quan nghiên cứu về Phật giáo. Quan hệ ngoại giao quốc tế và quốc nội của HVPGVN tại TP.HCM ngày càng đa dạng hơn, đáp ứng nhu cầu nghiên cứu và đào tạo ở quy mô của một trường Đại học Phật giáo.